El centro de fauna de Navas del Rey nació a finales de los noventa, cuando la primera escuela taller comenzó la recuperación de la zona conocida como "Las Canteras". En este espacio utilizado como vertedero municipal durante años, se recuperaron dos lagunillas existentes y se repoblaron sus márgenes con vegetación autóctona típica de humedales. Con el paso del tiempo se fueron iniciando, conjuntamente con las escuelas taller de la Comunidad de Madrid, una serie de infraestructuras para albergar fauna salvaje en un recinto que incluía las antiguas canteras ya rehabilitadas.